在太一一行人告別數碼世界后，數碼世界并沒有就此關閉朝向人類的大門，而數碼世界的內部卻沒有太平多少時日，就又開始了紛爭。　　數碼世界急需一批被選中的孩子來維護數碼世界和人類世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生，沒有太多精力和時間能夠和數碼寶貝們一起并肩作戰，只有阿武和小光成為了新一代的領頭人。被選中的孩子有本宮大輔（木內玲子 配音）、井之上京（夏樹莉緒 配音）、火田伊織（夏樹惠 配音）等人，和他們一同戰斗的除了亞古獸、加布獸等，還有新的數碼寶貝參與。于是，在第一代數碼人的帶領下，新的數碼寶貝和守護者們開始了同邪惡勢力的作戰……

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